Începuturile activităţii muzeale din oraşul Cluj sunt marcate de constituirea Asociaţiei Muzeului Ardelean (Erdélyi Múzeum-Egyesület), în toamna anului 1859. Încercări notabile în acest domeniu cultural au existat încă din primele decenii ale secolului al XIX-lea, când Dieta transilvăneană din anii 1841-1843 a aprobat întemeierea unei asociaţii ştiinţifice.
Contele József Kemény, remarcabil istoric al epocii, precum şi vărul acestuia, Sámuel Kemény, şi-au oferit, la acea dată, impresionantele lor colecţii de cărţi, documente şi piese de mineralogie în vederea constituirii unui muzeu naţional în Ardeal, la Cluj. Tot atunci, mai exact în anul 1842, s-a efectuat şi prima donaţie  către un posibil muzeu  respectiv donaţia cunoscutei familii nobiliare Eszterházy, constând din 149 de medalii de bronz dedicate domniei lui Napoleon I.
În pofida acestor strădanii şi oferte generoase, înfiinţarea unei instituţii muzeale maghiare nu a fost aprobată  în deceniile respective  de către autorităţile imperiale habsburgice.
După anul 1850, cel mai fervent susţinător al ideii întemeierii unei asociaţii ştiinţifice a fost contele Imre Mikó. Evenimentele dramatice ale Revoluţiei de la 1848-1849 din Transilvania, în urma cărora au fost distruse multe biblioteci şi arhive, atenţionau mai insistent ca niciodată asupra necesităţii creării unei instituţii academice cu caracter muzeal, la nivel naţional. Pe de o parte, aceasta urma să reunească diferitele colecţii publice sau particulare deja existente, iar pe de altă parte avea să vegheze asupra moştenirii istorice a maghiarimii.
Demersurile contelui Imre Mikó au fost încununate de succes în anul 1859. În data de 8 septembrie 1859 au sosit la Cluj Statutele Asociaţiei, aprobate de către Curtea vieneză, iar între 23-25 noiembrie, în sala Redutei (sediul actualului Muzeu Etnografic al Transilvaniei), a avut loc şedinţa de constituire a Muzeului Ardelean. Acesta era cel de-al doilea muzeu din provincia transilvăneană, după Muzeul Brukenthal, înfiinţat în anul 1817, la Sibiu, pe baza proiectului baronului Samuel Brukenthal.
Constituirea Asociaţiei a fost primită cu interes de întreaga opinie publică transilvăneană. De altfel, la şedinţa de constituire a Muzeului Ardelean, contele Imre Mikó a stăruit asupra faptului că această societate îşi propune să reprezinte pe plan cultural toate etniile Ardealului. Printre membrii fondatori care au sprijinit prin donaţii înfiinţarea asociaţiei se numărau şi intelectuali români, cum ar fi: Andrei Şaguna, Alexandru Sterca Şuluţiu şi Timotei Cipariu. Mai târziu, în anul 1861, la constituirea Asociaţiunii transilvane pentru literatura română şi cultura poporului român (ASTRA), la Sibiu, membri de vază ai Muzeului Ardelean  însuşi contele Mikó, de exemplu  se vor afla, de asemenea, printre cei care îşi aduceau contribuţia la cauza culturii româneşti.
Aşa cum era prevăzut şi în Statutele Asociaţiei, ţelurile principale ale acesteia erau sprijinirea şi dezvoltarea materială a Muzeului Ardelean, prelucrarea ştiinţifică a colecţiilor sale, cultivarea ştiinţelor, promovarea cunoaşterii ţării şi, în general, a fenomenului ştiinţific.
Pentru îndeplinirea scopurilor sale, Asociaţia prevedea o activitate socială destinată unor cercuri largi, prin metode care pot fi considerate şi astăzi demne de cea mai modernă „educaţie muzeală”. Astfel, asociaţia preconiza punerea gratuită la dispoziţia publicului vizitator a colecţiilor sale, susţinerea de prelegeri de popularizare şi de specialitate, publicarea rezultatelor ştiinţifice, organizarea unor adunări itinerante sau expoziţii temporare, editarea unui anuar, organizarea de concursuri şi altele.
Patrimoniul iniţial al Muzeului Ardelean putea fi grupat, după natura obiectelor, în mai multe colecţii: geologie-mineralogie, ştiinţele naturii şi antichităţi (10.092 de piese), un cabinet numismatic (cu 4707 monede de aur, argint şi bronz), o bibliotecă cu 15.439 de volume şi o arhivă istorică dispunând de 1083 manuscrise; în total, 31.321 de bunuri culturale.
Primul preşedinte al Asociaţiei Muzeului Ardelean a fost contele Mikó, iar custode al acesteia a fost desemnat savantul Sámuel Brassai.
Colecţiile au fost adăpostite la început (în anul 1860), în casa Bethlen, de pe actuala stradă Mihail Kogălniceanu, apoi, între anii 1861-1874, în vila contelui Imre Mikó (vezi coperta IV), actualul Muzeu de Zoologie din Parcul Haşdeu, dar ambele locaţii s-au dovedit a fi insuficiente în raport cu numărul mare de bunuri culturale existente.
Înfiinţarea Universităţii Franz Joseph I din Cluj, în anul 1872, a dus la o schimbare în organizarea muzeului, determinată şi de necesitatea ameliorării situaţiei sale materiale. În baza unui contract încheiat, în cursul aceluiaşi an, cu noua universitate, Asociaţia Muzeului Ardelean punea la dispoziţia acesteia toate colecţiile sale, păstrându-şi însă dreptul de proprietate asupra lor, în schimbul unei sume de 5000 de florini anual, cu titlu de chirie. Universitatea avea, în acelaşi timp, obligaţia de a asigura spaţiul necesar colecţiilor, cadrele de specialitate şi mijloacele financiare pentru întreţinerea şi dezvoltarea colecţiilor.
Custodia colecţiilor le-a revenit profesorilor de specialitate de la catedrele universitare. Cea de numismatică şi antichităţi avea în fruntea sa pe profesorul Henrik Finály. Pentru început (din anul 1874) această colecţie îşi va găsi loc în vechea clădire a Universităţii, demolată ulterior, apoi, după anul 1896, într-un depozit al fostului Liceu al Piariştilor.
Colecţia de Numismatică şi Antichităţi a intrat într-o nouă etapă de dezvoltare o dată cu schimbarea custodelui său. După moartea lui Henrik Finály (1889) conducerea i-a revenit profesorului universitar dr. Béla Pósta, iar colecţia a fost amplasată în noua clădire a universităţii, inaugurată în anul 1901. Noul custode al colecţiei, profesorul Pósta, a activat în direcţia întocmirii unei evidenţe clare a patrimoniului şi a salvării colecţiilor deteriorate în depozitul insalubru al fostului Liceu al Piariştilor.
O permanentă preocupare era cea a sporirii colecţiilor. În acest scop s-au înaintat memorii pentru mărirea alocaţiilor de stat, apelându-se însă în acelaşi timp şi la diverse foruri laice şi bisericeşti, la autorităţile municipale, pentru predarea la muzeu a vestigiilor istorice şi artistice. Până în anul 1901 au fost amenajate un laborator de restaurare şi cele patru încăperi de la demisolul şi parterul noii clădiri destinate expoziţiilor. A fost comandat şi mobilier adecvat, la nivelul cerinţelor muzeografice ale epocii, precum şi instalaţii de securitate.
În anul 1900 muzeul clujean a participat cu succes la expoziţia internaţională de la Paris, iar colecţiile sale încep să fie cunoscute şi studiate de cercetători de peste hotare.
Până la sfârşitul anului 1901 toate obiectele vechi au fost inventariate. În continuare s-a trecut la amenajarea expoziţiei în noua clădire a universităţii. Într-una din cele două săli de la demisol şi-au găsit loc vestigiile romane, cele epigrafice, sculpturale şi de arhitectură, iar în cealaltă sală piesele de sculptură şi arhitectură medievală. În prima sală de la parter a fost expusă colecţia de egiptologie, de preistorie şi de epocă romană. A doua sală de la parter avea un conţinut foarte eterogen: pe lângă piese romane şi monumente sculpturale, apăreau aici şi vestigii din epoca migraţiilor, arme, piese vestimentare şi obiecte ale breslelor clujene. Pe pereţi au fost fixate tablouri, iar pe coridor piese sculpturale şi arhitectonice.
Deschiderea muzeului în noua locaţie a universităţii a avut loc în data de 29 mai 1903, cu ocazia serbării de închidere a anului universitar.
În anul 1912 este închiriat un nou local, mai spaţios, în actualul sediu al Muzeului Naţional de Istorie. Aici, în anul 1913, a început organizarea unei părţi a expoziţiei de preistorie, la etajul I al clădirii, iar la parter a lapidarului medieval.
În ceea ce priveşte patrimoniul muzeului clujean şi provenienţa colecţiilor sale, menţionăm că nucleul iniţial, provenit din donaţii particulare, a crescut an de an, prin alte donaţii, extrem de numeroase, precum şi în urma săpăturilor arheologice.
Printre donaţiile mai importante le amintim pe cele ale familiei Eszterházy, care au continuat să îmbogăţească colecţiile numismatice ale Muzeului Ardelean cu o serie întreagă de piese unicate sau rarităţi, apoi pe cele ale baronului Balázs Orbán (de antichităţi egiptene, în anul 1902), ale contesei Pejacsevich Mikó Mária (obiecte personale ce au aparţinut contelui Imre Mikó) sau ale arheologilor Károly şi Zsófia Torma. Prin donaţia sa de piese sculpturale şi epigrafice romane (din anul 1860), Károly Torma punea bazele Lapidarului roman, iar Zsófiei Torma i se datorează colecţia preistorică de la Turdaş (donată oficial în anul 1891). Alte donaţii mai cunoscute sunt cele ale contelui Géza Kuún (din 1914) şi ale contesei Ottilia Wass (din anii 1917-1918). Contesa Wass a lăsat moştenire Asociaţiei Muzeului Ardelean nu numai obiecte de artă decorativă (mobilier, porţelanuri, sticlă etc.) dar şi casa ei din Piaţa Unirii nr. 11.
În urma săpăturilor arheologice începute la sfârşitul secolului al XIX-lea, patrimoniul Muzeului Ardelean s-a îmbogăţit cu descoperiri importante, cum ar fi cele de la Apahida şi Cetatea de Baltă, de la Juc, Iclod, Zlatna, Dezmir, Sântana de Mureş (1903), de la castrul roman de la Gherla şi villa rustica de la Aiton (1904). Cercetări arheologice importante au fost efectuate şi la Bandul de Câmpie (1906), la Cluj, Alba Iulia (1907), pe linia limes-ului roman din zona Munţilor Meseş sau pe cea a drumului roman Porolissum  Napoca  Potaissa  Apulum  Sarmizegetusa, unde s-au semnalat întotdeauna descoperiri de excepţie, dar care până atunci nu au fost cercetate în mod sistematic.
În primele decenii ale secolului al XX-lea au fost întreprinse săpături arheologice la Pecica, Periam şi Semlac (1910), la peştera de la Cioclovina (1911), la Soporul de Câmpie, Gârbău, Valea Nandrului, la cimitirul de la Gâmbaş, în Peştera de la Igriţa şi la castrul roman de la Potaissa (în 1913).
Izbucnirea Primului Război Mondial a avut grave repercusiuni şi asupra activităţii arheologice din Transilvania. Alocaţiile financiare ale muzeului au fost reduse şi mulţi angajaţi au fost trimişi pe câmpul de luptă. Cele mai importante săpături din această perioadă au fost cele de la Bogata de Mureş şi de la Decea Mureşului (1914).
Patrimoniul muzeului s-a îmbogăţit şi cu ocazia lucrărilor edilitare desfăşurate în Cluj sau în urma unor lucrări de renovare a bisericilor din oraş. Astfel, de exemplu, din Biserica Sfântul Mihail sau din Biserica Reformată de pe strada Mihail Kogălniceanu au provenit importante piese sculpturale, dar şi diverse bunuri culturale (textile, bijuterii) din criptele nobililor transilvăneni înmormântaţi în incintele respective.
Pe calea achiziţiilor, Muzeul Ardelean a procurat piese remarcabile pentru Cabinetul numismatic şi pentru Colecţia de istorie a farmaciei.
Începând din 1900, s-au achiziţionat treptat, an de an, de la colecţionarul şi bijutierul braşovean Adolf Resch, câteva colecţii de mare valoare istorică, tipic transilvănene: bijuterii şi accesorii vestimentare (paftale, ace etc.) din secolele XVI-XIX, mobilier transilvănean, ceramică populară pictată, cahle şi altele. Tot prin cumpărare au fost procurate mulajele în ipsos ale unor sculpturi antice, diverse piese de bronz, diplomele militare de la Gherla sau depozitul de bronzuri de la Uioara.

       Muzeul Ardelean deţinea şi o impresionantă colecţie de tablouri provenite din donaţiile iniţiale, precum şi o importantă colecţie de stampe, gravuri şi de vederi transil-vănene.
Obiectele cu caracter etnografic au fost dobândite mai ales prin colecţionare sistematică, constituind, din anul 1908, o colecţie aparte în cadrul muzeului.
Dacă ar fi să rezumăm activitatea Muzeului Ardelean în cadrul statului dualist austro-ungar (a doua jumătate a secolului al XIX-lea şi primele decenii ale secolului al XX-lea), putem conchide că el a constituit în toată această perioadă o remarcabilă instituţie culturală, având ca obiectiv principal colectarea şi ocrotirea valorilor culturale din Transilvania. Muzeul Ardelean a adunat numeroase obiecte cu valoare istorică, aparţinând îndeosebi maghiarilor, dar şi românilor şi saşilor ardeleni. Se poate afirma că o mare parte a urmelor materiale şi spirituale ale civilizaţiei transilvănene, conservate sub formă de exponate muzeale, au ajuns până în zilele noastre în urma străduinţelor depuse de muzeografii care şi-au dedicat activitatea Muzeului Ardelean.
Făurirea statului naţional unitar român, la 1 Decembrie 1918, a reprezentat un moment de răscruce în viaţa şi activitatea instituţiilor de cultură din întreg Ardealul. Muzeul Ardelean este supus aceluiaşi proces istoric, intrând în administraţia statului român. Colecţiile istorico-arheologice au trecut în grija Institutului de Arheologie şi Numismatică al tinerei Universităţi clujene, inaugurată în toamna anului 1919. Clădirea noului Institut, (actuala aripă veche a muzeului) adăposteşte colecţiile preistorice, în timp ce colecţiile aparţinând epocii romane şi colecţia numismatică continuă să fie păstrate şi expuse în clădirea Universităţii. Conducerea Muzeului a fost încredinţată profesorului D. M. Teodorescu, iar personalul era constituit din profesorii de specialitate ai Universităţii.
Institutul de Arheologie şi Numismatică a trecut la reorganizarea Muzeului pe baze ştiinţifice, cumpărând mobilier, inventariind materialul ştiinţific, sortându-l şi realizând o expunere sistematică, pe secţii.
Crearea în 1929 a Institutului de Studii Clasice, în cadrul Universităţii, sub auspiciile şi îndemnul marelui clasicist, profesorul Vasile Pârvan, prin unificarea celor patru unităţi universitare care se ocupau de cercetarea antichităţii: Institutul de Arheologie şi Numismatică, Catedrele de istorie antică, de limba şi literatura greacă şi de limba şi literatura latină, reprezintă pentru Muzeu intrarea într-o etapă nouă de organizare şi dezvoltare. Muzeul, ataşat noului Institut, condus de profesorul Emil Panaitescu, va purta numele de Muzeul de Antichităţi. Colecţiile muzeale, răspândite până acum în mai multe părţi, sunt adunate şi expuse în clădirea Institutului de Studii Clasice din str. Gherescu, nr. 2, actualul sediu al Muzeului (str. C. Daicoviciu, nr. 2) astfel: la parter lapidarul roman şi medieval; la etajul I secţia de preistorie şi secţia daco-romană; la etajul II secţia de artă medievală şi modernă. Tot la etajul I, în continuarea secţiei daco-romane se aflau expuse şi colecţia de obiecte egiptene şi greceşti precum şi cea mai valoroasă colecţie de artă românească din Ardeal, pinacoteca „Cioflec”.
Deschiderea oficială a Muzeului de Antichităţi de pe lângă Institutul de Studii Clasice, a avut loc la 27 mai 1933, într-un cadru restrâns, în prezenţa reprezentanţilor Universităţii, prof. Nicolae Drăganu şi a câtorva profesori universitari, finalizându-se astfel o muncă de organizare şi expunere unitară şi ştiinţifică a colecţiilor într-o singură clădire. Muzeul de Antichităţi era deschis de acum şi publicului, gratuit, după următorul program: marţi de la 10-13 secţia de preistorie şi istorie daco-romană; joi de la 10-13 lapidariul şi pinacoteca „Cioflec”; duminica de la 10-13 pinacoteca „Cioflec” şi secţia de artă medievală şi modernă.
Sporirea colecţiilor muzeale cu valoroase materiale provenite din săpăturile arheologice (şantierele de la Costeşti, Grădişte, Ulpia Traiana, Căşei, Bologa, etc.), cu bogata colecţie numismatică adusă din clădirea Universităţii precum şi cu colecţia „Cioflec” au determinat conducerea Muzeului să întreprindă o serie de demersuri la conducerea Universităţii şi minister pentru obţinerea de fonduri necesare transformării clădirii. Prin grija deosebită a rectorilor Universităţii, prof. Emil Haţieganu şi prof. Emil Racoviţă s-a construit o aripă nouă, clădirea Muzeului având în anul 1935 înfăţişarea actuală.
În anul 1940, în urma dictatului de la Viena, deşi Universitatea şi Institutul de Studii Clasice au plecat în refugiu la Sibiu, Muzeul de antichităţi a rămas la Cluj, fiind preluat de către noile autorităţi. O parte din obiecte au fost duse în Ungaria, la Budapesta. După eliberarea Clujului în toamna anului 1944, Universitatea şi Institutul se reîntorc, Muzeul fiind preluat din nou de către Institutul de Studii Clasice.
În anul 1948 acest institut s-a transformat într-o secţie a Institutului de Istorie din cadrul filialei clujene a Academiei Române. Muzeul a fost cuprins în cadrul Academiei până în anul 1963, când a trecut în subordinea Comitetului de Stat pentru Cultură şi Artă.
Pornind de la faptul că muzeul existent avea mai mult un caracter didactico-ştiinţific, se simţea nevoia organizării şi funcţionării Muzeului şi în scop cultural-educativ. Acad. Prof. Constantin Daicoviciu înaintează în anul 1961 un memoriu Consiliului de Miniştri propunând înfiinţarea Muzeului de Istorie din Cluj. Memoriul a fost completat cu un proiect de reorganizare a Muzeului, prin contopirea colecţiilor vechiului muzeu, cu cele ale proiectatului muzeu al oraşului. Se preconiza un muzeu de istorie complet, cu o prezentare specială a istoriei Transilvaniei, cu depozite, lapidariu roman şi medieval, o colecţie de armament medieval (în Bastionul Croitorilor), o colecţie de egiptologie, o colecţie numismatică şi colecţia de istoria farmaciei.
La 1 ianuarie 1963 s-a dat decizia de înfiinţare a Muzeului de Istorie din Cluj, subordonat Comitetului de Stat pentru Cultură şi Artă, avându-l ca director pe acad. C. Daicoviciu. Muzeul de Istorie din Cluj devine o instituţie de rang naţional, cu prestigiu ştiinţific şi cultural apreciat în ţară şi străinătate. La expoziţiile de preistorie şi istorie daco-romană, se adaugă în anul 1966 expoziţia permanentă de istorie medie, în 1968 cea de istorie modernă şi în 1984 expoziţia de istorie contemporană. Colecţia de istorie a farmaciei se reorganizează într-un spaţiu adecvat, o clădire din sec. al XVIII-lea unde a funcţionat prima farmacie din Cluj.
În anul 1994, datorită valorosului patrimoniu istorico-arheologic, a activităţii deosebite expoziţionale şi ştiinţifice, muzeul primeşte denumirea de Muzeul Naţional de Istorie a Transilvaniei. Muzeul deţine un patrimoniu de peste 400 000 de bunuri culturale, ilustrând istoria şi civilizaţia Transilvaniei din preistorie până în zilele noastre.
Muzeul Naţional de Istorie a Transilvaniei, cu sediul pe str. Constantin Daicoviciu nr. 2, este şi o prestigioasă instituţie de cercetare ştiinţifică şi o veritabilă şcoală arheologică, cu şantiere de importanţă naţională şi europeană. Specialiştii muzeului întreprind cercetări arheologice la cetăţile dacice din Munţii Orăştiei, la Ulpia Traiana Sarmizegetusa, la castrele romane de la Căşei, Bologa, Gherla, la aşezările dacice din Carpaţii Orientali, în staţiunile preistorice de la Iclod, Ţaga, Palatca, în siturile medievale timpuri din Transilvania, etc. Rezultatele acestor cercetări precum şi alte studii de istorie a Transilvaniei sunt publicate în seria Bibliotheca Musei Napocensis, în reviste de specialitate, din ţară şi străinătate, precum şi în anuarul muzeului, Acta Musei Napocensis, al cărui prim număr a apărut în anul 1965.
Seculara istorie a acestei instituţii de cultură clujene, care păstrează şi prezintă prin expoziţiile permanente, precum şi prin numeroasele expoziţii temporare, valori deosebite ale civilizaţiei transilvănene, constituie un motiv şi un îndemn pentru a o vizita şi cunoaşte.