Colecţiile de istorie modernă ilustrează istoria şi civilizaţia spaţiului multietnic şi pluriconfesional al Transilvaniei în secolul al XIX-lea şi în primele decenii ale secolului următor şi cuprind peste 20000 de bunuri culturale mobile.
Printre acestea se regăsesc o serie întreagă de obiecte provenite din colecţii de artă decorativă, arme, numismatică, gravuri, documente, ştiinţă şi tehnică, carte veche şi alte tipărituri.  Ele se leagă în mod direct de evenimentele politice, militare, economice sau culturale din secolul al XIX-lea şi de la începutul secolului al XX-lea.
Dintre principalele colecţii expuse în cadrul expoziţiei permanente sau adăpostite în depozite amintim următoarele:
• arme albe şi de foc, sigilii, uniforme, steaguri, insigne şi decoraţii din timpul Revoluţiei de la 1848 şi din Primul Război Mondial;
• bunuri culturale care ilustrează dezvoltarea economică a Transilvaniei: piese şi utilaje agricole de epocă; obiecte din sticlă provenite din „glăjăriile“ ardelene (Porumbacu, Pădurea Neagră, Bicsad, Cucuiuş) şi ceramică provenită din principalele manufacturi şi fabrici de profil din Transilvania (Batiz, Cluj); monede, bancnote, anuare financiare, acţiuni – reprezentative pentru activitatea financiară şi bancară; obiecte care ilustrează domeniul transporturilor şi al comunicaţiilor, sigilii poştale, paşapoarte;
• bunuri culturale referitoare la viaţa urbană, cultură şi ştiinţă (afişe de teatru, instrumente muzicale, sigiliile unor asociaţii culturale, aparate fotografice, aparatul experimental de zbor construit în 1896 de profesorul clujean Martin Lajos, velocipede, aparate de redare şi înregistrare a sunetului);
• obiecte personale ale unor personalităţi politice, militare, culturale din epocă, aşa cum sunt cele ale revoluţionarilor români şi maghiari de la 1848; cele legate de personalitatea lui Alexandru Ioan Cuza, a regelui Carol I, a memorandistului Ioan Raţiu, a contelui Imre Mikó, a contesei Ottilia Wass etc.;
• documente referitoare la mişcarea naţională a românilor; exemplarul tipărit al Memorandului; manuscrise; documente referitoare la istoria muzeului;
•  mobilier, jucării şi orologerie din secolele XVIII-XIX;
• artă decorativă – obiecte de porţelan din secolele XIX-XX, provenite din principalele centre de producţie europene (germane, cehe, franceze, austriece şi mai ales maghiare – mărcile Zsolnay, Herend, Hollóháza), textile, bijuterii, sticlă, argintărie, lemn lăcuit din Orient;
• gravuri, cărţi poştale, fotografii de epocă, clişee pe sticlă realizate de fotograful Ferenc Veress;
O mare parte a acestor colecţii de piese cu caracter artistic sau funcţional din patrimoniul compartimentului de istorie modernă au un caracter omogen, datorat fie donaţiilor iniţiale (colecţii cu caracter istoric), fie unei activităţi sistematice de achiziţii, realizată de muzeul nostru de-a lungul timpului. Printre colecţiile cu caracter istoric amintim colecţiile Muzeului Ardelean, ale Muzeului de Relicve ale Revoluţiei de la 1848 sau ale Muzeului Tehnologic Industrial.