Istoricul colecţiei noastre numismatice este legat, ca şi a unei însemnate părţi a patrimoniului clujean, de Muzeul Ardelean înfiinţat la Cluj în 1859. Din documentele păstrate aflăm însă că una dintre cele mai importante donaţii numismatice făcută viitorului Muzeu Ardelean datează cu mult mai devreme, din 1842. În anul respectiv, unul din membrii familiei Esterházy a donat viitorului Muzeu o parte din colecţia sa medalistică (149 de medalii napoleoniene), împreună cu 5.000 de forinţi pentru plata custodelui. Prin urmare, nucleul colecţiei numismatice s-a conturat chiar înainte de înfiinţarea muzeului. După deschiderea muzeului, pe tot parcursul celei de-a doua jumătăţi a sec. al XIX-lea, colecţia numismatică a crescut datorită donaţiilor făcute de persoane importante şi bogate, a achiziţiilor din comerţul de antichităţi european şi, probabil, datorită unor descoperiri arheologice. În 1918, după Unirea Transilvaniei cu România, ca urmare a înţelegerii între cele două state, România şi Ungaria, s-a procedat la partajul colecţiei, o parte revenind statului român, iar altă parte statului maghiar. În perioada interbelică colecţia numismatică a fost gestionată de Institutul de Studii Clasice de la Cluj. În 1940, după ocuparea părţii de nord  vest a Transilvaniei de către trupele hortiste, cea mai mare parte, sau poate chiar întreaga colecţie, a fost dusă la Budapesta şi a fost returnată statului român abia în 1960 când la Cluj au revenit peste 60.000 de piese (monede, medalii, bancnote). Această situaţie de permanentă mutare a colecţiei a cauzat şi pierderea informaţiei extrem de importante din punct de vedere al cercetării istorice privind locul de descoperire a unor tezaure monetare, aproape toate piesele din colecţia Muzeului Ardelean fiind astăzi tratate ca piese disparate, deşi acest lucru nu poate fi real ţinând cont de numărul mare de monede din colecţie, în special monede medievale.
După înfiinţarea actualului muzeu clujean (1963), colecţia numismatică s-a dezvoltat în special prin descoperiri arheologice, iar după 1990 şi printr-o serie de achiziţii valoroase (cum ar fi staterii de tip koson), donaţii făcute de Banca Naţională a României (medalii de aur şi argint) sau Monetăria Naţională. În prezent, colecţia numismatică cuprinde peste 100.000 de piese.
Aceste piese, care în proporţie de peste 80% pot fi clasate în categoria juridică tezaur, acoperă o perioadă de timp de peste două milenii şi jumătate (cea mai veche piesă datează din sec. VI a Ch.). Ele sunt confecţionate din platină, aur, argint şi metal comun, una din principalele lor virtuţi fiind starea excelentă de conservare, putând fi oferite admiraţiei publicului în special prin expoziţia deschisă în anul 1998 în camera de tezaur a muzeului. În expoziţia permanentă Tezaur se pot vedea aproximativ 7000 de piese provenite din toate epocile istorice în special monede, medalii, bijuterii, obiecte ornamentale, diplome ş.a.
Baza colecţiei o constituie moştenirea primită de la Muzeul Ardelean, remarcându-se în mod special colecţiile Esterházy şi Delhaes. Aceste două colecţii cuprind piese unicat sau mari rarităţi numismatice cum ar fi medaliile Casei de Habsburg, medaliile napoleoniene, copia după piesa de aur a lui Mihai Viteazul de la 1600, medalia lui Constantin Brâncoveanu din 1713, monede romane, bizantine şi medievale de mare valoare istorică.